文献综述查重工具在使用过程中存在一些限制，主要包括：1.版权问题：一些工具可能会要求用户对上传的文献拥有版权或使用权，否则可能涉及侵权问题。2.隐私问题：部分工具可能会保存用户上传的文献信息，有可能泄露个人隐私。3.数据安全：使用不当可能导致文献信息被窃取或篡改，影响研究结果的准确性。因此，在使用文献综述查重工具时，需要注意这些使用限制，选择信誉良好、安全可靠的工具。

文献综述查重工具的使用限制还包括：4.费用问题：部分高级的查重工具可能需要付费才能享受更多功能，对于经费有限的用户可能存在使用限制。5.技术限制：有些工具对文献格式、大小、语言等方面有要求，用户需要根据工具的要求进行调整，否则可能无法正常使用。综上所述，了解文献综述查重工具的使用限制对于科研工作者选择合适的工具、避免风险至关重要。